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本分所設有農藝系、園藝系、植物保護系等三個研究單位及總務、主計、人事等三個行政單位。人力配置有研究人員23人，行政人員6人及技工、工友及駕駛45人，合計74人。

本分所創立於民國七年七月，前身為台灣總督府農事試驗場嘉義支場及民政部殖產局附屬園藝試驗嘉義支場，分別研究熱帶農園藝作物。民國十年八月，兩支場合併為中央研究所嘉義農事試驗支所，民國卅四年十月台灣光復後接收，改組為台灣省農業試驗所嘉義農業試驗支所，直隸於長官公署，民國卅六年五月省府改制，農業試驗所直屬省府，民國卅八年八月改隸於農林廳，將支所改稱為分所。一九九九年七月一日起改隸 [行政院農業委員會農業試驗所嘉義農業試驗分所]。