植物保護系目前共分為兩個研究室分別為作物病害病理研究室及作物蟲害管理研究室。編制內共有7名研究人員,其中4名從事作物病害相關研究;3名從事作物蟲害相關研究,另外配置有技工1名。
本系主要從事農作物之病蟲害防治研究,研究範圍包括農藝作物與園藝作物病蟲害之發生生態及防治方法之研究,另外亦參與有益微生物之開發與利用相關研究。
在農藝作物主要研究方面,本系致力於甘藷種苗病害驗證作業,輔導業者生產健康無毒苗,並積極投入甘藷病蟲害害防治研究:包括甘藷基腐病、白絹病、儲藏性病害、甘藷蟻象及葉用甘藷害蟲,進行化學藥劑篩選、蟲生真菌試驗及安全性植物保護資材應用技術開發;在水稻重要病蟲害研究方面,如飛蝨類害蟲之發生生態、遷移、發生預測及防治技術研究,並協助水稻育種人員進行飛蝨類害蟲抗蟲檢定,以育成抗蟲品種。
園藝作物病蟲害研究方面,本系針對柑橘關鍵病蟲害進行「柑橘疫病蟲害整合管理研究」,其中包含病蟲害基礎生態調查、抗藥性研究,以及後續的防治藥效評估與綜合防治技術開發,並負責全國柑橘健康種苗的病原檢定工作;荔枝方面進行關鍵病蟲害管理研究,亦調查害蟲寄生性天敵種類,建立網室栽培模式,使荔枝產業走向減藥及安全生產;酪梨健康管理技術研究方面,致力於果實病害、枝條潰瘍病、根腐病、小蠹蟲、果實蠅、薊馬等病蟲害的研究,研究內容包括:病原菌及害蟲種類釐清、生態調查、抗耐病根砧篩選,與整合管理技術開發等,以提供農友最佳管理模式;在咖啡重要病蟲害研究部分,本系進行咖啡果小蠹進行發生生態、蟲生真菌種類調查、化學藥劑或非化學防治藥劑防治效果評估及咖啡褐眼病的病害生態與防治藥劑篩選等研究。