農藝系

研究範圍包括水稻及甘藷之品種改良、栽培技術改進、種原蒐集保存等。
在水稻方面，除進行梗稻抗稻熱病育種，尤其注重質優豐產且適合省工栽培品種的選育。先後育出光復1號、嘉農242號、台農68、70（香米品種）、72、80及84號及嘉農秈6、8、11號；台農秈12、14、18、19及20號（香米品種）水稻品種，並與各地區改良場合作選育優良梗稻新品種。
育成具有高收穫指數及適合各種用途之甘藷計72品種，其中尤以台農57號（黃心品種）及台農66號（紅心品種）種植面積最多，台農72號富含胡蘿蔔素，台農71號為葉菜用品種。本系並以試管保存1400多個甘藷種原，為國內最大之甘藷種原庫。

研究成果

1.近年來育成之優質水稻品種有台農秈22號(秈型香米)、台農74號(梗稻型香米)、台農80號(巨胚米)及台農84號(豐產、抗稻熱病)。
2.育成紫香糯、紅糯及觀賞稻等多樣化品系多個，擬於近期內提出申請品種權。
3.稻作育種小組運作期間與各改良場合作育成之品種有台梗6號、7號、12號、14號、17號、桃園1號、台東30號、花蓮19號、台梗糯3號、5號及桃園糯2號等11個。
4.設置標準稻熱病統一病圃，每年檢定各稻作試驗改良場所雜交後代系統及初、高級產量比較試驗品系約16,000個。

研究成果

1.台灣甘藷育種工作自日據時期即於嘉義農試分所進行，光復後仍由嘉義農試分所繼辦理育種工作，其間共育出台農1-73號等73種甘藷品種；而嘉義分所自光復至今共選育出28個甘藷品種，幾乎台灣絕大部分甘藷品種皆　來自嘉義農試分所，其中台農57及66號佔所有甘藷栽培面積90%以上，對台灣之甘藷產業具有巨大重要。
2.自99年開始從事馬鈴薯育種工作。 
3.根莖類作物種原收集，嘉義分所自國內外收集甘藷種原計1435種以上，為東南亞地區保存甘藷種原最多的國家，所保存種原除提供育種性狀多樣性之適當來源外，亦作為與其他國家種原交換之材料，另外保存馬鈴薯種原166種及山藥種原15種。 
4.種苗繁殖，嘉義分所甘藷品種除台農57及66號已技轉民間生產種苗外，其他新育成品種例如台農71、72及73號等品種仍然　由嘉義分所繁殖供應農民，每年至少需供應20000苗以上。